Sekolah Kebangsaan Murni Jaya dibuka pada tanggal 30.12.1982 bersamaan dengan hari Khamis. Pihak JKR Johor Bahru telah menyerahkan bangunan kepada PPD Kulai Tn. Hj. A. Bakar b. Hj. Arsat.

Pada 3.1.1983 PPD Kulai menyerahkan sekolah ini kepada Guru Besar Sekolah Kebangsaan (F) Bukit Permai En. Ahmad Ahpandi b. Hj. Seriman. Sekolah ini mula beroperasi pada 6.2.1983.

Pada awal pembukaannya ia hanya menumpang di Sekolah Kebangsaan (F) Bukit Permai. Oleh yang demikian segala urusan pentadbiran sekolah ini adalah di bawah kelolaan Sekolah Kebangsaan (F) Bukit Permai yang ditadbir oleh Guru Besar En. Ahmad Ahpandi b. Hj. Seriman dan dibantu oleh 7 orang guru.

Terbitnya fajar pagi pada 1.1.1988 sejarah manis tercipta, Sekolah Kebangsaan Murni Jaya telah berpindah ke bangunan sendiri yang terletak di Kampung Murni Jaya dengan menggunakan kod JBA 8021. Guru Besar pada ketika itu ialah En. Shahrom b. Sukari (memangku). Pada awalnya tenaga pengajar hanya terdapat 9 orang guru dan muridnya seramai 148 orang ( 74 murid lelaki dan 74 murid perempuan).

Sekolah ini terdiri daripada sebuah bangunan kekal yang menempatkan enam bilik darjah, bilik Guru, bilik Guru Besar, Pejabat, Perpustakaan, bilik Kemahiran Hidup, tandas guru dan murid dan bilik sembahyang. Bangunan kantin adalah sebuah bangunan yang berasingan dari bangunan sekolah.

Menjelang 28.6.1988 PIBG Sekolah Kebangsaan Murni Jaya telah ditubuhkan dengan rasminya. Sekolah Kebangsaan Murni Jaya terus membangun dari segi kemudahan fizikal seperti taman kanak-kanak, stor sukan, tempat letak kereta dan rumah guru. Peningkatan di dalam UPSR terus meningkat pada tahun 1996 di mana SKMJ menduduki tempat ke-4 daripada 43 buah sekolah dalam daerah Kulai.

Pada tahun 1998 prasarana Sekolah Kebangsaan Murni Jaya telah ditambah dengan kemudahan 5 unit Rumah Guru ( 10 pintu ) yang dibina di hadapan sekolah. Oleh itu, sudah tidak timbul lagi masalah penempatan Guru-guru sekiranya mereka diarahkan bertugas di SKMJ.

Pada tahun 2000 Sekolah Kebangsaan Murni Jaya telah berubah wajah sejajar dengan alaf baru. Sebuah bangunan 4 tingkat telah siap dibina untuk Sekolah Kebangsaan Murni Jaya, Kulai, Johor Darul Ta'zim.

Pra penyerahan Bangunan JKR 5907 telah dibuat pada 14.4.2000 bersamaan dengan 9 Muharam 1421 oleh En. Rahim b. Mohamad, Ketua Unit Kecil Pembangunan Jabatan Pendidikan Johor kepada En. A. Rahim b. Abdul, Guru Besar Sekolah Kebangsaan Murni Jaya.

Bangunan baru ini dilengkapi dengan 6 bilik darjah, bilik Guru, bilik Kemahiran Hidup, Makmal Sains, Makmal Komputer, bilik simpanan buku Teks ( SPBT ), pusat sumber dan bilik Muzik. Kemudahan pondok bacaan turut disediakan.

Pada tanggal 19 April 2000 bersamaan 14 Muharam 1421, murid-murid Sekolah Kebangsaan Murni Jaya mula berpindah ke bangunan baru bermula dengan Tahun 1 di aras bawah manakala Tahun 2, 3, 4, 5, dan 6 ditempatkan di aras tiga. Perpindahan diteruskan secara berperingkat-peringkat bagi bilik-bilik khas.

Sebagai institusi pendidikan, dari mula dibuka hingga sekarang Sekolah Kebangsaan Murni Jaya telah ditadbir oleh beberapa orang Guru Besar:

NAMA GURU BESAR TEMPOH BERTUGAS

1. En. Ahmad Ahpandi b. Hj. Seriman 06/02/1983 - 31/12/1987
2. En. Shahrom b. Sukari ( Memangku ) 01/01/1988 - 30/06/1998
3. En. Ruhmat b. Mohamed ( Memangku ) 01/07/1988 - 31/08/1988
4. En. Sadikan b. Hj. Hashim 01/09/1988 - 31/03/1989
5. En. Osman b. Ibrahim 01/04/1989 - 15/02/1995
6. En. Abu Bakar b. Hj. Mohd. Sih 16/02/1995 - 16/04/1998
7. En. Yunus b. Ramlan 16/04/1998 - 01/02/1999
8. En. A. Rahim b. Abdul 01/02/1999 - 30/09/2003
9. En. Razali bin Lan 01/10/2003 - 12/5/2006

10. En Mohd. Ali bin Mohamad 1/7/2006 - sekarang

Pada 1.2.1999 sekolah ini ditadbir oleh En. A. Rahim b. Abdul bersama 11 orang guru, seorang Pembantu Tadbir Rendah, seorang Pembantu Rendah AM dan seorang jaga. Jumlah murid adalah seramai 170 orang (89 lelaki dan 81 perempuan).

Pada tahun 1999, sekali lagi sekolah ini mencipta sejarah dengan melahirkan seorang murid Tahun 3 yang berjaya dalam Ujian PTS dan terus melangkau ke Tahun 5. Bagi Peperiksaan UPSR, buat pertama kalinya seorang murid telah berjaya mendapat 5A.

Kejayaan demi kejayaan terus diukir. 2005 menyaksikan kebangkit
Prasarana kecerian sekolah juga turut ditambah dari masa ke semasa contohnya; Tempat letak kereta, pondok bacaan, pondok kawalan, taman permainan dan lain-lain. Semoga warga Sekolah Kebangsaan Murni Jaya akan terus berusaha dan berjaya bertepatan dengan cogan kata sekolah "USAHA GIAT MAJU".